质谱前处理两件套：胶内与溶液法逐项对照

分子互作富集试剂盒 · 产品选型 · 质谱前处理

很多实验室的互作实验卡在上机前一步：蛋白拉下来了，胶也跑出来了，但酶解效率低、肽段回收少，上机后能鉴定的蛋白寥寥无几。前处理不是"顺手做一下"的环节，它决定了前面所有步骤的投入能不能变成数据。

一、两种盒子，对应两种样本形态

选择逻辑很简单：看你的蛋白现在在胶里，还是在液里/珠子上。在胶里就走胶内酶解，在液里或珠子上就走溶液/on-beads 路径。两条路径的缓冲体系不同，混用会显著降低肽段回收。

DEMO 数据：Pull-down 重复样本，一路考染、一路 on-beads 酶解

二、胶内酶解：为什么值得多花半天

胶内酶解的优势是去掉了绝大部分非目标蛋白。切下目标条带，等于在酶解前先做了一次纯化，背景蛋白少了，质谱里的低丰度互作蛋白才有机会被看到。代价是步骤多、回收率依赖操作细节。

• 切胶要准：只取目标条带，避免带上重链/轻链区域；
• 脱色要彻底：考马斯亮蓝残留会抑制胰蛋白酶；
• 还原烷基化要到位：否则二硫键未打开，酶切位点被遮蔽；
• 肽段提取要重复：单次提取会丢掉疏水肽。

胶内酶解的起步动作，是把目标条带切准

三、on-beads 酶解：省时间，但要求更干净

on-beads 直接在磁珠上酶解，省去跑胶和切胶，样本损失少、周期短。前提是洗涤必须充分，否则珠子上的背景蛋白会一起被酶解成肽段，直接抬高背景。PD 系列产品在洗液设计上已经为这一步做了铺垫。

厂家 DEMO 里给了一个直观对照：同一份 Pull-down 样本，一路考染看蛋白，一路 on-beads 酶解后看肽段——可见蛋白基本被酶切成小分子肽段，说明酶解效率达标。

前处理做得干净，数据分析才有东西可筛

四、把前处理当成实验设计的一部分

建议在立项时就把前处理路径定下来：目标蛋白分子量已知、样本量少 → 优先 on-beads；样本复杂、需要去除重链轻链干扰 → 走胶内。不要在拉完蛋白之后再临时决定，因为两种路径对洗液和样本缓冲体系的要求不同。

常见误区
认为"酶解过夜就一定能切完"。酶量不足、pH 偏差、尿素残留都会让过夜变成白等。用成品试剂盒的意义，是把这些参数固定住。

前处理的终点，是质谱进样

切条带之前，先确认目标蛋白落在哪一段分子量

on-beads 酶解省去切胶与回收步骤

产品参数来自厂家公开技术资料，具体规格与价格以当期报价单为准

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